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学者姓名：陈晓静
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目的 探讨云香水仙WD40基因在花色形成中的作用。方法 基于前期的转录组数据，以云香水仙为材料，采用RT-PCR技术对WD40基因进行克隆，并结合Real-time PCR检测其在不同花期的表达水平。结果 克隆得到1个WD40基因，命名为NtWD40，开放阅读框长为1 020 bp，共编码339个氨基酸。同源性分析表明，云香水仙与拟南芥、苹果、矮牵牛及苜蓿的相似系数分别为68%、68%、68%和69%。Real-time PCR分析表明：始花期NtWD40的表达量较其他花期有明显差异。结论 NtWD40可能参与云香水仙类黄酮途径相关色素的合成。
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qRT-PCR qRT-PCR WD40 WD40 云香水仙 云香水仙 基因克隆 基因克隆 花色 花色
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| GB/T 7714 | 李欢 , 陈晓静 . 云香水仙WD40基因克隆及序列分析 [J]. | 山西大同大学学报(自然科学版) , 2023 , 39 (04) : 100-104 . |
| MLA | 李欢 等. "云香水仙WD40基因克隆及序列分析" . | 山西大同大学学报(自然科学版) 39 . 04 (2023) : 100-104 . |
| APA | 李欢 , 陈晓静 . 云香水仙WD40基因克隆及序列分析 . | 山西大同大学学报(自然科学版) , 2023 , 39 (04) , 100-104 . |
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Abstract ：
The Chinese narcissus is a well-known monocotyledon plant with a beautiful color, and fresh with a sweet floral scent. Lack of transcriptomic and genomic information hinders understanding of the molecular mechanisms underlying the biosynthesis of narcissus floral scent volatiles. Here we predicted the functions of identified significantly differentially expressed genes (DEGs), according to public protein annotation databases. Using RNA-sequencing (RNA-Seq) on the Illumina HiSeq system and de novo transcriptome assembly, we investigated gene expression in narcissus corona and petal tissues at the early flowering (day 1) and full-bloom (day 7) stages. Significant differences in the expression profiles of 14 fragrance-related genes were further analyzed by qRT-PCR. A total of 62,826,860,514 bases were generated by RNA-seq; clean reads were 210,658,254 bp, and the guanine-cytosine content was 47.7%-48.88%. Transcripts (n = 167,374; 67.27%) and unigenes (n = 81,442; 32.73%) had mean lengths of 1069.70 bp and 813.27 bp, respectively. The total length and N50 length values of transcripts were 179,040,048 bp and 1654 bp, while those of unigenes were 66,234,291 bp and 1406 bp. Assembled genes were annotated by comparison with the non-redundant, Protein family, Clusters of Orthologous Groups of proteins, Swiss-Prot, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, and Gene Ontology, public protein databases. Additionally, 46 and 71 significantly differentially expressed genes encoded enzymes and transcription factors, respectively, associated with floral volatiles biosynthesis pathways, were analyzed in-depth. Our findings represent a fundamental step toward better understanding of the mechanisms of narcissus floral volatile biosynthesis.
Keyword ：
Biosynthesis Biosynthesis DEGs DEGs Floral scent Floral scent Narcissus Narcissus qRT-PCR qRT-PCR Transcriptomics Transcriptomics
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| GB/T 7714 | He, Yansen , Xu, Min , Chen, Xiaojing . De Novo Transcriptomics Analysis of the Floral Scent of Chinese Narcissus [J]. | TROPICAL PLANT BIOLOGY , 2020 , 13 (2) : 172-188 . |
| MLA | He, Yansen 等. "De Novo Transcriptomics Analysis of the Floral Scent of Chinese Narcissus" . | TROPICAL PLANT BIOLOGY 13 . 2 (2020) : 172-188 . |
| APA | He, Yansen , Xu, Min , Chen, Xiaojing . De Novo Transcriptomics Analysis of the Floral Scent of Chinese Narcissus . | TROPICAL PLANT BIOLOGY , 2020 , 13 (2) , 172-188 . |
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Abstract ：
采用常规压片方法,对5种国外引进的水仙体细胞染色体数目和核型进行了分析.结果表明:5种水仙材料中有二倍体1种,三倍体和四倍体各2种,核型公式分别为2n=4x=28=8m+16sm+4st(‘苏娅’)、2n=3x=30=7m+17sm+5st+1t(‘小燕子’)、2n=3x=21=4m+13sm+4st(‘普韦布洛’)、2n=4x=28=8m+15sm+4st+1t(‘胡德山’)和2n=2x=17=1m+9sm+7st(SAT)(‘温斯特丘吉尔’).5种水仙染色体数目和核型分析结果不仅可以为其分类提供细胞学依据,同时也为利用这些品种资源选育新品种提供指导.
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染色体 染色体 核型 核型 水仙 水仙
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| GB/T 7714 | 刘洋 , 李全超 , 肖瑶宇 et al. 5种水仙属植物的核型分析 [J]. | 福建农林大学学报(自然科学版) , 2020 , 49 (01) : 35-39 . |
| MLA | 刘洋 et al. "5种水仙属植物的核型分析" . | 福建农林大学学报(自然科学版) 49 . 01 (2020) : 35-39 . |
| APA | 刘洋 , 李全超 , 肖瑶宇 , 李琳 , 何炎森 , 陈晓静 . 5种水仙属植物的核型分析 . | 福建农林大学学报(自然科学版) , 2020 , 49 (01) , 35-39 . |
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Abstract ：
BackgroundRed-fleshed papaya is a good material to study the different carotenoids accumulation mechanism in the peel and flesh. Although the peel and flesh of papaya closely integrated into one body, the flesh coloration changing from white to red, while the exocarp coloration changing from green to yellow. In this study, the major carotenoids accumulation and the expression patterns of key carotenoid biosynthesis pathway genes in the process of papaya fruit ripening were studied, and the carotenoid biosynthetic pathways in the yellow peel and red flesh of papaya were investigated.ResultsThe carotenoid composition in papaya flesh and peel were different. The major carotenoids were lutein and -carotene in the peel, while lycopene in the flesh. The accumulation of carotenoids, including lycopene, -carotene, and -cryptoxanthin were considered to cause the orange-red color of papaya cv. Daqing No.10' flesh. The color of peel changed from green to yellow because of the fast degradation of chlorophyll andtheappearanceof carotenoids such asluteinand -carotene. Thirteen genes that encode enzymes in the carotenoid biosynthetic pathway were detected in papaya fruit transcriptome: two phytoene synthase (PSY1, PSY2), two phytoene desaturase (PDS1, PDS2), one -carotene desaturase (ZDS), four lycopene cyclase (CYCB, LCYB1, LCYB2, LCYE), one -carotene hydroxylase (CHYB), one carotene epsilon-monooxygenase (LUT1), one violaxanthin de-epoxidase (VDE), and one zeaxanthin epoxidase (ZEP). The results of RNA-Seq and RT-qPCR showed the expression of carotenoid biosynthetic pathway genes was consistent with the change of carotenoid content. Carotenoid biosynthetic pathways in the yellow peel and red flesh of papaya were analysed based on the major carotenoids accumulation and the expression patterns of key carotenoid biosynthesis pathway genes. There was only a -branch of carotenoid biosynthesis in the flesh of papaya, while there were both - and -branch of carotenoid biosynthesis in papaya peel. In the process of papaya fruit ripening, the -branch was inhibited and the -branch was enhanced in the peel.ConclusionsThe differential carotenoid accumulation and biosynthesis pathway genes expression in peel and flesh, lay a foundation for further study and provide further insights to control fruit color and improve fruit quality and appearance.
Keyword ：
Carica papaya L Carica papaya L Carotenoids Carotenoids Coloration Coloration Metabolic pathway Metabolic pathway RNA-Seq RNA-Seq
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| GB/T 7714 | Shen, Yan Hong , Yang, Fei Ying , Lu, Bing Guo et al. Exploring the differential mechanisms of carotenoid biosynthesis in the yellow peel and red flesh of papaya [J]. | BMC GENOMICS , 2019 , 20 . |
| MLA | Shen, Yan Hong et al. "Exploring the differential mechanisms of carotenoid biosynthesis in the yellow peel and red flesh of papaya" . | BMC GENOMICS 20 (2019) . |
| APA | Shen, Yan Hong , Yang, Fei Ying , Lu, Bing Guo , Zhao, Wan Wan , Jiang, Tao , Feng, Li et al. Exploring the differential mechanisms of carotenoid biosynthesis in the yellow peel and red flesh of papaya . | BMC GENOMICS , 2019 , 20 . |
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Abstract ：
SSR分子标记,作为水仙属植物遗传多样性和种质资源鉴定的重要分子标记.为了开发新的水仙SSR标记,本研究通过运用生物信息学软件MISA检测'云香'水仙不同花期转录组序列中的SSR序列位点,并运用Primer3.0软件对检索到的SSR序列进行引物设计.结果显示,本研究中共检测到14581个SSR位点,分布在12361条unigenes中,出现频率为19.95％,平均距离3.87kb/SSR;SSR长度为12～30bp不等;重复次数为4～24次不等.其中,单核苷酸重复类型占比最高(52.82％),二核苷酸重复类型(16.72％)和三核苷酸重复类型(26.92％)次之.除单核苷酸重复基元外,二核苷酸重复基元AG/CT出现频次最高,而AAG/CTT次之.通过筛选共计得到16355对SSR引物.从筛选的引物中随机挑选20对交由生物公司合成,然后进行RCP扩增,20对引物中有16对引物扩增出比较清晰的条带,扩增率高达80.00％.'云香,水仙不同花期转录组测序数据,可以当作SSR标记开发的有效来源之一,该转录组中的SSR位点出现频次较高、种类较多、多态性潜能较高,可用于水仙属植物的遗传多样性分析、种质鉴定和分子育种等.
Keyword ：
分子标记 分子标记 品种选育 品种选育 多花水仙 多花水仙 遗传多样性 遗传多样性
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| GB/T 7714 | 刘洋 , 陈晓静 . '云香'水仙转录组SSR位点分析及花期分子标记开发 [C] //2019年中国观赏园艺学术研讨会论文集 . 2019 : 489-494 . |
| MLA | 刘洋 et al. "'云香'水仙转录组SSR位点分析及花期分子标记开发" 2019年中国观赏园艺学术研讨会论文集 . (2019) : 489-494 . |
| APA | 刘洋 , 陈晓静 . '云香'水仙转录组SSR位点分析及花期分子标记开发 2019年中国观赏园艺学术研讨会论文集 . (2019) : 489-494 . |
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Abstract ：
【目的】番木瓜是典型的呼吸跃变型果实,外源乙烯处理使番木瓜呼吸跃变提前,促进果实成熟。分离番木瓜果实成熟相关miRNA,为深入了解呼吸跃变型果实的成熟分子机制奠定基础。【方法】利用高通量测序技术对乙烯(ETH)、1-MCP和清水对照(CG)处理的番木瓜果实进行miRNA和转录组高通量测序,然后对测序获得数据进行生物信息学分析,进行miRNA鉴定和靶基因预测,并与转录组测序结果进行关联分析。【结果】乙烯、1-MCP和对照处理分别获得10 734 196、16 486 803和16 067 290条纯净序列,共鉴定出523个miRNA。其中,已知miRNA个数为1-MCP(303)、CG(214)和ETH(239),新miRNA个数为1-MCP(184)、CG(188)和ETH(114)。与对照相比,在乙烯处理中上调和下调表达的miRNA分别是123和72条。靶基因预测共获得5 053个靶基因,KEGG功能富集分析显示它们参与了戊糖、葡萄糖醛酸转换、淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢、类胡萝卜素合成等代谢途径。筛选出的番木瓜果实成熟衰老相关候选miRNA,包含4个果实软化调控相关miRNA(miR167-y、miR4993-x、miR3946-x和miR5059-x)、3个果实颜色调控相关miRNA(miR4993-x、miR815-y和miR7810-x)、3个激素调控相关miRNA(miR4993-x、miR8004-x和miR9722-x)和4个转录因子调控相关miRNA(miR5641-y、miR9722-x、miR838-y和miR319-y)。【结论】筛选的番木瓜果实成熟衰老相关miRNA为今后果实成熟衰老调控网络研究提供了可能的线索。
Keyword ：
乙烯 乙烯 小RNA 小RNA 果实 果实 番木瓜 番木瓜 高通量测序 高通量测序
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| GB/T 7714 | 申艳红 , 姜涛 , 刘璐琪 et al. 基于高通量测序发掘番木瓜果实成熟相关miRNA [J]. | 果树学报 , 2019 , 36 (11) : 1473-1482 . |
| MLA | 申艳红 et al. "基于高通量测序发掘番木瓜果实成熟相关miRNA" . | 果树学报 36 . 11 (2019) : 1473-1482 . |
| APA | 申艳红 , 姜涛 , 刘璐琪 , 石天磊 , 赵湾湾 , 陈晓静 . 基于高通量测序发掘番木瓜果实成熟相关miRNA . | 果树学报 , 2019 , 36 (11) , 1473-1482 . |
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Abstract ：
为深入挖掘中国水仙转录组中萜类合成相关基因,了解中国水仙萜类代谢途径和分子调控机制,该研究以‘云香’水仙为材料,在其盛花期花瓣与副冠转录组测序的基础上,筛选已注释的萜类合成途径基因并利用NCBI blastn进行再注释,通过对部分候选基因的表达量与生物信息分析进一步筛选出代表基因,采用RT-PCR技术克隆了水仙异戊烯基焦磷酸异构酶基因NaIDI,并对其蛋白序列与特异性表达进行分析。结果表明:(1)Blast比对筛选得到52个与萜类合成上游途径相关的Unigenes,二次筛选获得11个显著差异表达的代表基因。(2)NaIDI基因开放阅读框(ORF)长度为858 bp,编码285个氨基酸,其氨基酸序列与‘金盏银台’水仙相似度97.19%;亚细胞定位预测显示该基因定位在叶绿体;系统进化分析表明其与芦笋亲缘关系比较近。(3)实时荧光定量分析结果表明,NaIDI基因在水仙开花的不同时期和不同组织器官中差异表达显著,且在盛花期时副冠中的表达量最高,与中国水仙挥发性萜类化合物在开花不同时期和不同组织器官中的表达规律一致,表明NaIDI在萜类代谢中发挥着一定作用。
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‘云香’水仙 ‘云香’水仙 异戊烯基焦磷酸异构酶 异戊烯基焦磷酸异构酶 萜类代谢 萜类代谢 转录组 转录组
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| GB/T 7714 | 李琳 , 肖瑶宇 , 李科 et al. 基于转录组挖掘‘云香’水仙萜类合成基因及NaIDI的克隆 [J]. | 西北植物学报 , 2019 , 39 (08) : 1379-1388 . |
| MLA | 李琳 et al. "基于转录组挖掘‘云香’水仙萜类合成基因及NaIDI的克隆" . | 西北植物学报 39 . 08 (2019) : 1379-1388 . |
| APA | 李琳 , 肖瑶宇 , 李科 , 李欢 , 陈晓静 . 基于转录组挖掘‘云香’水仙萜类合成基因及NaIDI的克隆 . | 西北植物学报 , 2019 , 39 (08) , 1379-1388 . |
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Abstract ：
花葶数量是衡量水仙(Narcissus tazetta var. chinensis)商品鳞茎品质的重要指标之一。传统的水仙鳞茎熏蒸方法由于不能严格控制乙烯浓度,导致花芽诱导效果不佳。本实验研发了乙烯处理水仙催多花技术,采用200μL/L乙烯气体在密闭容器中熏蒸水仙三年生鳞茎两次,可使花葶和小花数量提高1倍。为探讨乙烯催多花的原因,测定了不同处理的生理生化指标,并将处理后1 d的样品分别进行了转录组测序。外源乙烯增加了可溶性糖与蛋白质含量,提高了过氧化物酶(peroxidase, POD)活性、吲哚乙酸(indole-3-acetic acid, IAA)和玉米素(zeatin, ZA)水平。对水仙鳞茎转录组测序,共获得了65 898个unigenes,其中对照55 793个unigene、1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene, 1-MCP)处理57 321个unigene、乙烯处理64 350个unigene。基因本体(Gene Ontology, GO)分析显示,外源乙烯处理提高了水仙鳞茎的活性,促进了GO term中大部分基因的上调表达。通过比较不同处理间基因的差异表达,筛选了62个候选基因,包含4个淀粉与蔗糖代谢途径基因、9个多胺合成与转运基因、11个木质素合成与转运基因、31个成花相关基因和7个其他调控基因。12个基因的q RT-PCR结果验证了RNA-Seq的正确性。这些差异表达基因在水仙花芽分化过程中可能具有重要作用。本研究在生理生化和分子水平对乙烯处理促进水仙鳞茎花芽分化机制进行了探讨,为进一步阐明水仙花芽分化分子机制和指导水仙提供了理论依据。
Keyword ：
乙烯 乙烯 水仙 水仙 花芽分化 花芽分化 转录组测序 转录组测序
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| GB/T 7714 | 申艳红 , 姜涛 , 赵湾湾 et al. 乙烯处理水仙催多花技术和机理的研究 [J]. | 农业生物技术学报 , 2019 , 27 (06) : 1003-1015 . |
| MLA | 申艳红 et al. "乙烯处理水仙催多花技术和机理的研究" . | 农业生物技术学报 27 . 06 (2019) : 1003-1015 . |
| APA | 申艳红 , 姜涛 , 赵湾湾 , 阮蔚华 , 张寒 , 周斌 et al. 乙烯处理水仙催多花技术和机理的研究 . | 农业生物技术学报 , 2019 , 27 (06) , 1003-1015 . |
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Abstract ：
为选育水仙花新品种,本研究共选择15个多花水仙资源材料,于2017年秋季在漳州进行露地栽培,观测其植物学性状及生物学特性。结果表明:15个水仙资源间的叶长、叶宽、花葶长度、每花葶小花数、小花直径、副冠直径、副冠杯深以及花药长度等有明显差异。萌芽期为10月底至12月底,抽葶期为11月底至翌年1月底,花期从12月初持续到第二年2月底,盛花期延续81d,开花持续天数27～35d。根据花色可分为4大类型,第一类为两色花类型,含7个资源,即Chinese Sacred Lily、Erlicheer、Galilee、Sol、Winter Sun、金三角、云香;第二类为白色花类型,含3个资源,即Znbal、Ziva、崇明(白);第三类为黄色花类型,含3个资源,即Golden rain、Grand SD'or、彩旺;第四类为其他花色类型,仅绿状元1种。按花期可以分为早、中、晚3种类型。通过观察比较,明确了15个资源的植物学性状和生物学特性。
Keyword ：
多花水仙 多花水仙 物候期 物候期 种质资源 种质资源 观赏性状 观赏性状
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| GB/T 7714 | 刘洋 , 肖瑶宇 , 李全超 et al. 多花水仙资源植物学性状与生物学特性研究 [J]. | 黑龙江农业科学 , 2019 , (08) : 81-87 . |
| MLA | 刘洋 et al. "多花水仙资源植物学性状与生物学特性研究" . | 黑龙江农业科学 08 (2019) : 81-87 . |
| APA | 刘洋 , 肖瑶宇 , 李全超 , 李琳 , 吴舒捷 , 陈晓静 . 多花水仙资源植物学性状与生物学特性研究 . | 黑龙江农业科学 , 2019 , (08) , 81-87 . |
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Abstract ：
本研究利用RT-PCR技术从‘云香’水仙的根中克隆得到了NtNAC1基因,并通过qRT-PCR技术分析了该基因的时空表达模式以及在逆境和逆境相关激素处理下的表达变化,结合分析过表达该基因的转基因烟草植株的表现等解析了该基因的功能。结果显示:NtNAC1基因全长1083 bp,其ORF为918 bp,编码306个氨基酸,N端含有NAM保守结构域,聚分在SNAC1亚组,与香蕉MusaSNAC1、小麦TaNAC47亲缘关系较近。实时荧光定量分析显示,NtNAC1的表达水平随花器官花瓣和副冠的发育呈先上升后下降趋势,始花期达到峰值;NtNAC1在根和叶中高表达,受ABA、MeJA、SA、H_2O_2、NaCl、PEG诱导上调,推测该基因可能参与‘云香’水仙花器官的形态建成及响应非生物胁迫。进一步构建表达载体转化烟草,获得9株转基因植株。在高盐和干旱胁迫处理下,转基因植株根系发达、长势更好、存活率高,表明水仙NtNAC1过表达能提高烟草对高盐、干旱的耐受性,在抗逆中起正向调控作用,可作为提高水仙抗性的优良遗传基因资源。
Keyword ：
NAC转录因子 NAC转录因子 ‘云香’水仙 ‘云香’水仙 功能分析 功能分析 非生物胁迫 非生物胁迫
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| GB/T 7714 | 肖瑶宇 , 李琳 , 李全超 et al. ‘云香’水仙NtNAC1基因的克隆及功能分析 [J]. | 热带作物学报 , 2019 , 40 (05) : 913-921 . |
| MLA | 肖瑶宇 et al. "‘云香’水仙NtNAC1基因的克隆及功能分析" . | 热带作物学报 40 . 05 (2019) : 913-921 . |
| APA | 肖瑶宇 , 李琳 , 李全超 , 刘洋 , 陈晓静 . ‘云香’水仙NtNAC1基因的克隆及功能分析 . | 热带作物学报 , 2019 , 40 (05) , 913-921 . |
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