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学者姓名：郑燕珍
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Abstract ：
Xanthones are the major active substances in the mangosteen pericarp with well-documented antioxidant activities. The antioxidant activity of 13 different xanthones identified from the mangosteen pericarp was examined in the gas, benzene and water phases using density functional theory. We found that the benzylic C- groups play great contribution to the antioxidant activity of the xanthones. The thermodynamic preferred free radical scavenging mechanisms vary in different phases. In the gas and benzene phases, hydrogen atom transfer (HAT) was the most preferred mechanism in the free radical scavenging reaction of xanthones and the benzylic C-H groups are the most favourable antioxidant sites. In these phases, alpha-mangostin is the best antioxidant. In water phase, sequential proton loss electron transfer (SPLET) was more favourable than HAT and single electron transfer followed by proton transfer (SET-PT) mechanisms and the phenolic O-H groups play the most important role in the free radical trapping progress. Besides,.-mangostin is better antioxidant than other xanthones in water phase.
Keyword ：
Antioxidant activity Antioxidant activity Benzylic C-H group Benzylic C-H group Density functional theory Density functional theory Xanthones Xanthones
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| GB/T 7714 | Zheng, Yan-Zhen , Fu, Zhong-Min , Guo, Rui et al. The important role of benzylic C-H bond in the antioxidant behaviours of the xanthones [J]. | JOURNAL OF FOOD COMPOSITION AND ANALYSIS , 2021 , 103 . |
| MLA | Zheng, Yan-Zhen et al. "The important role of benzylic C-H bond in the antioxidant behaviours of the xanthones" . | JOURNAL OF FOOD COMPOSITION AND ANALYSIS 103 (2021) . |
| APA | Zheng, Yan-Zhen , Fu, Zhong-Min , Guo, Rui , Chen, Da-Fu , Zhang, Yu-Cang . The important role of benzylic C-H bond in the antioxidant behaviours of the xanthones . | JOURNAL OF FOOD COMPOSITION AND ANALYSIS , 2021 , 103 . |
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Abstract ：
Mixtures of ionic liquids (ILs) and molecular solvents can overcome the drawbacks (high viscosity, high polarity, and high cost) of pure ILs and extend their practical use. The structural and interaction properties of ILs form the bases for understanding their properties. In this work, the structural properties of the mixtures of an IL, 1-(2'hydroxylethyl)-3-methylimidazolium bis(trifluoromethylsulfonyl)imide ([C2OHMIM][Tf2N]), with chloroform, a molecular solvent of weak polarity, in various concentrations were analysed using Fourier transform infrared spectroscopy and density functional theory calculations. Excess spectra were used to analyse the infrared spectra. The IL forms a stable ion cluster-CDCl3 complex with CDCl3 in the concentration range investigated. In the ion cluster-CDCl3 complex, the hydrogen atom of CDCl3 forms hydrogen-bonds with the fluorine atoms of the anion. In addition, the chlorine atom of CDCl3 forms a halogen-bond with the oxygen atom of the anion. All the hydrogen and halogen-bonds identified between the [C2OHMIM][Tf2N] ion cluster and CDCl3 exhibit low strength, closed shells, and electrostatically dominant interactions. (C) 2020 Elsevier B.V. All rights reserved.
Keyword ：
Density functional theory Density functional theory Excess infrared spectra Excess infrared spectra Fourier transform infrared spectroscopy Fourier transform infrared spectroscopy Halogen-bond Halogen-bond Hydrogen-bond Hydrogen-bond Ionic liquids Ionic liquids
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| GB/T 7714 | Zheng, Yan-Zhen , Zhou, Yu , Deng, Geng et al. Structures and non-covalent interaction behaviours of binary systems containing the ionic liquid 1-(2′-hydroxylethyl)-3-methylimidazolium bis(trifluoromethylsulfonyl)imide and chloroform [J]. | SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY , 2021 , 244 . |
| MLA | Zheng, Yan-Zhen et al. "Structures and non-covalent interaction behaviours of binary systems containing the ionic liquid 1-(2′-hydroxylethyl)-3-methylimidazolium bis(trifluoromethylsulfonyl)imide and chloroform" . | SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY 244 (2021) . |
| APA | Zheng, Yan-Zhen , Zhou, Yu , Deng, Geng , Guo, Rui , Chen, Da-Fu . Structures and non-covalent interaction behaviours of binary systems containing the ionic liquid 1-(2′-hydroxylethyl)-3-methylimidazolium bis(trifluoromethylsulfonyl)imide and chloroform . | SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY , 2021 , 244 . |
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Abstract ：
2D covalent organic frameworks (COFs) are drawing intense attention in heterogenous photocatalysis due to their porous, crystalline, and tailor-made structures. For highly efficient solar-to-chemical energy conversion, revealing and modulating active centers in the skeletons of COFs are of great importance but encounter severe challenges. Herein, it is demonstrated that cyano conjugation on a typical beta-ketoenamine-linked COF via aldehyde-imine Schiff-base condensation contributes to an enhanced stable photocatalytic H-2-evolution rate of 1.8 mmol h(-1) g(-1) (lambda > 420 nm) with a superior apparent quantum yield of 2.12% at 420 nm, compared to pristine COFs. Both experimental results and density functional theory calculations disclose that the cyano conjugation can efficiently improve photoinduced charge separation and effectively decrease the energy barrier for H-intermediate generation on the carbonyl oxygen sites of the functionalized COFs. These findings present a precise organic functionalization strategy to optimize active centers on COF-based photocatalysts for the practical applications.
Keyword ：
covalent organic frameworks covalent organic frameworks functional group functional group hydrogen production hydrogen production photocatalysis photocatalysis reaction mechanism reaction mechanism
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| GB/T 7714 | Wang, Lvting , Zhang, Lili , Lin, Bizhou et al. Activation of Carbonyl Oxygen Sites in β-Ketoenamine-Linked Covalent Organic Frameworks via Cyano Conjugation for Efficient Photocatalytic Hydrogen Evolution [J]. | SMALL , 2021 , 17 (24) . |
| MLA | Wang, Lvting et al. "Activation of Carbonyl Oxygen Sites in β-Ketoenamine-Linked Covalent Organic Frameworks via Cyano Conjugation for Efficient Photocatalytic Hydrogen Evolution" . | SMALL 17 . 24 (2021) . |
| APA | Wang, Lvting , Zhang, Lili , Lin, Bizhou , Zheng, Yanzhen , Chen, Jingling , Zheng, Yun et al. Activation of Carbonyl Oxygen Sites in β-Ketoenamine-Linked Covalent Organic Frameworks via Cyano Conjugation for Efficient Photocatalytic Hydrogen Evolution . | SMALL , 2021 , 17 (24) . |
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Abstract ：
The use of molecular solvents has been proposed as a simple solution to reduce the high viscosities of neat ionic liquids (ILs) and extend the practical applications of ILs. A proper understanding of the structure and intermolecular interaction is of vital importance for the design, optimization and synthesis of ILs systems with tailored properties for specific applications. In this work, the structure and hydrogen-bond features of the representative pyrrolidinium/piperidinium based ILs and acetonitrile mixtures were studied by a combination of Fouriertransform infrared spectroscopy (FTIR) and density functional theory (DFT) calculations. The nu(C N) region is sensitive to the microenvironment and is used as IR probe to detect the structure and hydrogen-bond properties of the two IL-acetonitrile binary systems in the whole concentration range. Positive peaks are observed in the excess IR spectra of nu(C N) region which indicates the non-ideality of the mixing process and the formation of hydrogen-bonded complexes in the mixtures. With the help of deconvolution and DFT calculations, the species transformation in the mixing process can be identified from the excess spectra: When x(CD3CN) is less than 0.90, acetonitrile mainly interacts with the ion pairs and ion clusters of the ILs. Ion clusters are all broken out into ion pairs and the interaction complex is mainly ion pair-CD3CN when x(CD3CN) > 0.90. In the whole concentration range, the CD3CN cannot break apart the strong coulombic interactions between the cation and anion, and the individual cation and anion do not exist in the mixtures. All of the hydrogen-bonds in the ion pair/ion clusteracetonitrile complexes are weak strength, closed shells and electrostatically dominant interactions. (C) 2020 Published by Elsevier B.V.
Keyword ：
Acetonitrile Acetonitrile Density functional theory Density functional theory Excess spectra Excess spectra Hydrogen-bond Hydrogen-bond Infrared spectroscopy Infrared spectroscopy Ionic liquids Ionic liquids
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| GB/T 7714 | Zheng, Yan-Zhen , Zhou, Yu , He, Hong-Yan et al. Nitrile group as IR probe to detect the structure and hydrogen-bond properties of piperidinium/pyrrolidinium based ionic liquids and acetonitrile mixtures [J]. | JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS , 2021 , 322 . |
| MLA | Zheng, Yan-Zhen et al. "Nitrile group as IR probe to detect the structure and hydrogen-bond properties of piperidinium/pyrrolidinium based ionic liquids and acetonitrile mixtures" . | JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS 322 (2021) . |
| APA | Zheng, Yan-Zhen , Zhou, Yu , He, Hong-Yan , Guo, Rui , Chen, Da-Fu . Nitrile group as IR probe to detect the structure and hydrogen-bond properties of piperidinium/pyrrolidinium based ionic liquids and acetonitrile mixtures . | JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS , 2021 , 322 . |
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Abstract ：
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失。本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)进行深入分析。【方法】利用Astalavista软件鉴定Aam和Aas中基因的AS事件类型。利用IGV浏览器对部分剪切异构体(isoform)的结构进行可视化。通过TAPIS pipeline对Aam和Aas中基因的APA位点进行鉴定。通过MEME软件对Aam和Aas中全长转录本的APA位点上游50bp的序列特征进行分析并对motif进行鉴定。【结果】在Aam中共鉴定到286次AS事件,包括162次RI(Retained intron),87次A3(Alternative 3'splice-site)、32次A5(Alternative 5'splice-site)和5次SE (Skipping exon);在Aas中共鉴定到559次AS事件,包括305次RI、155次A3、85次A5、13次SE和1次MEE (Mutually exclusive exon)。进一步分析发现,现有参考基因组上的多数注释基因结构并不完整;部分注释基因在菌丝和孢子中转录形成的isoform在数量和结构方面均存在差异;部分isoform在参考基因组中没有对应的注释基因。Aam中共鉴定到2748个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有1个APA位点的基因数量最多(726,26.42%);Aas中共鉴定到2768个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有5个以上APA位点的基因数量最多(1180,42.63%)。部分基因在菌丝和孢子中含有不同的APA位点数。序列特征分析结果显示,球囊菌全长转录本的3'UTR的上下游表现出明显的碱基倾向性,U和A分别富集在3'UTR的上游和下游。此外,在球囊菌全长转录本的APA位点上游鉴定到4个motif,分别是UCUCCU、UCUUCU、CCCACC和CCCCCU。【结论】本研究通过对球囊菌菌丝和孢子中基因的AS和APA进行深入分析,揭示了球囊菌转录组的复杂性,为完善现有的基因组和转录组注释提供了宝贵信息,也为探究AS和APA在球囊菌的基因表达调控中的作用提供了关键基础。
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可变剪切 可变剪切 可变腺苷酸化 可变腺苷酸化 牛津纳米孔 牛津纳米孔 蜜蜂球囊菌 蜜蜂球囊菌 长读段测序 长读段测序
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| GB/T 7714 | 杜宇 , 王杰 , 蒋海宾 et al. 基于第三代长读段测序数据解析蜜蜂球囊菌基因的可变剪切与可变腺苷酸化 [J]. | 微生物学报 , 2021 , 61 (03) : 667-682 . |
| MLA | 杜宇 et al. "基于第三代长读段测序数据解析蜜蜂球囊菌基因的可变剪切与可变腺苷酸化" . | 微生物学报 61 . 03 (2021) : 667-682 . |
| APA | 杜宇 , 王杰 , 蒋海宾 , 王秀娜 , 范元婵 , 范小雪 et al. 基于第三代长读段测序数据解析蜜蜂球囊菌基因的可变剪切与可变腺苷酸化 . | 微生物学报 , 2021 , 61 (03) , 667-682 . |
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Abstract ：
本研究旨在基于已获得的第三代纳米孔全长转录组数据对东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae基因的可变剪接(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)进行分析。通过Astalavista软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫基因的AS事件类型。采用TAPISpipeline对东方蜜蜂微孢子虫基因的APA位点进行鉴定。利用MEME软件分析所有全长转录本的poly (A)剪接位点上游50bp的序列特征并鉴定motif。共鉴定出发生于5个基因的5次AS事件,包括1次可变供体位点(alternative donor site,ADS)和4次内含子保留(intron retention,IR)。鉴定出233个基因发生APA,其中含有1个poly (A)剪接位点的基因数量最多(143,61.37%)。序列特征分析结果显示,东方蜜蜂微孢子虫全长转录本的3’ UTR的上下游表现出明显的碱基倾向性,U在3’ UTR的上游富集,而A在3’ UTR的下游富集。此外,在东方蜜蜂微孢子虫全长转录本的poly (A)剪接位点上游鉴定到3个motif(AAUAAA、UGAUGC和GCGACG)。研究结果揭示了东方蜜蜂微孢子虫转录组的复杂性,完善了现有的参考基因组和转录组注释,也为深入探究不同剪接异构体的分子功能提供了基础。此外,本研究为其他真菌的AS和APA研究提供了有益的思路和方法借鉴。
Keyword ：
东方蜜蜂微孢子虫 东方蜜蜂微孢子虫 全长转录组 全长转录组 可变剪接 可变剪接 可变腺苷酸化 可变腺苷酸化 第三代测序技术 第三代测序技术
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| GB/T 7714 | 陈华枝 , 范小雪 , 范元婵 et al. 东方蜜蜂微孢子虫基因的可变剪接及可变腺苷酸化解析 [J]. | 菌物学报 , 2021 , 40 (01) : 161-173 . |
| MLA | 陈华枝 et al. "东方蜜蜂微孢子虫基因的可变剪接及可变腺苷酸化解析" . | 菌物学报 40 . 01 (2021) : 161-173 . |
| APA | 陈华枝 , 范小雪 , 范元婵 , 王杰 , 祝智威 , 蒋海宾 et al. 东方蜜蜂微孢子虫基因的可变剪接及可变腺苷酸化解析 . | 菌物学报 , 2021 , 40 (01) , 161-173 . |
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Abstract ：
【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称"球囊菌")菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考基因组注释的已知转录本进行序列比对,获取全长转录本与已知转录本的对应信息。利用生物信息学方法对Aam和Aas的全长转录本进行差异表达、功能注释以及结构特征分析。【结果】Aam和Aas共有的全长转录本数量为19 966条,特有的全长转录本数量分别为1 273和2 856条。Aas vs Aam比较组含有3 230条差异表达转录本(differentially expressed transcripts, DETs),包含3 072条上调和158条下调。GO功能注释结果显示,这些DETs涉及代谢进程、细胞、催化活性等GO条目。KEGG注释结果显示,这些DETs注释到内吞作用、MAPK信号通路、糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成等相关通路。进一步分析发现,部分全长转录本的剪接异构体在Aam和Aas中具有不同的表达量和结构。【结论】本研究发现球囊菌在菌丝和孢子两个不同阶段伴随着转录本表达量和结构的变化,研究结果为深入探究不同剪接异构体在球囊菌的菌丝生长、孢子萌发和有性生殖中的分子功能提供了理论依据和数据基础。
Keyword ：
三代测序 三代测序 全长转录本 全长转录本 孢子 孢子 差异表达转录本 差异表达转录本 菌丝 菌丝 蜜蜂球囊菌 蜜蜂球囊菌
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| GB/T 7714 | 杜宇 , 蒋海宾 , 王杰 et al. 蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析 [J]. | 昆虫学报 , 2021 , 64 (03) : 363-373 . |
| MLA | 杜宇 et al. "蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析" . | 昆虫学报 64 . 03 (2021) : 363-373 . |
| APA | 杜宇 , 蒋海宾 , 王杰 , 范小雪 , 王秀娜 , 冯睿蓉 et al. 蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中全长转录本的差异表达分析 . | 昆虫学报 , 2021 , 64 (03) , 363-373 . |
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Abstract ：
【目的】利用已获得的纳米孔全长转录组数据对现有的东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)参考基因组的基因序列和功能注释进行完善。【方法】采用TransDecoder软件预测东方蜜蜂微孢子虫基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)及相应的氨基酸。利用gffcompare软件将全长转录本与参考基因组注释的转录本进行比较,对基因组注释基因的非编码区向上游或下游延伸,修正基因的边界。利用MISA软件鉴定长度在500 bp以上的全长转录本的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点,包括单核苷酸重复、双核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复、混合SSR等类型。通过Blast工具将鉴定到的新基因和新转录本比对Nr、KOG、eggNOG、GO和KEGG数据库,从而获得功能注释。【结果】共预测出2 353个完整ORF,其中长度分布在0—100个氨基酸的ORF最多,占总ORF数的72.12%。共对东方蜜蜂微孢子虫的2 340个基因进行了结构优化,其中5′端延长的基因有1 182个,3′端延长的基因有1 158个。共鉴定到1 658个SSR,其中单核苷酸重复、双核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复的数量分别为1 622、23、7和6个;单核苷酸重复类型的SSR密度最大,达到182.32个/Mb,其次为混合SSR、双核苷酸重复和三核苷酸重复,分别达到6.90、2.78和0.73个/Mb。共鉴定出954个新基因,其中分别有951、333、371、422和321个新基因可注释到Nr、KOG、eggNOG、GO和KEGG数据库。此外,还鉴定出6 164条新转录本,其中分别有6 141、2 808、2 932、3 196和2 585条新转录本可注释到Nr、KOG、eggNOG、GO和KEGG数据库。新基因和新转录本注释数量最多的物种均为东方蜜蜂微孢子虫,其次是蜜蜂微孢子虫(Nosema apis)。【结论】研究结果较好地完善了现有的东方蜜蜂微孢子虫参考基因组已注释基因的序列和功能注释,并补充和注释了大量参考基因组未注释的新基因和新转录本。
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东方蜜蜂微孢子虫 东方蜜蜂微孢子虫 全长转录本 全长转录本 基因组 基因组 纳米孔测序 纳米孔测序 蜜蜂 蜜蜂 转录组 转录组
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| GB/T 7714 | 陈华枝 , 范元婵 , 蒋海宾 et al. 基于纳米孔全长转录组数据完善东方蜜蜂微孢子虫的基因组注释 [J]. | 中国农业科学 , 2021 , 54 (06) : 1288-1300 . |
| MLA | 陈华枝 et al. "基于纳米孔全长转录组数据完善东方蜜蜂微孢子虫的基因组注释" . | 中国农业科学 54 . 06 (2021) : 1288-1300 . |
| APA | 陈华枝 , 范元婵 , 蒋海宾 , 王杰 , 范小雪 , 祝智威 et al. 基于纳米孔全长转录组数据完善东方蜜蜂微孢子虫的基因组注释 . | 中国农业科学 , 2021 , 54 (06) , 1288-1300 . |
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Abstract ：
【目的】长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类二、三级结构高度保守,长度>200 nt且不具蛋白编码能力的RNA,在转录和转录后水平广泛参与调控剂量补偿、细胞分化和生长发育等生命活动。本研究基于前期获得的蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)菌丝和孢子混合样品的高质量lncRNA组学数据进行球囊菌lncRNA的顺式(cis)作用、反义lncRNA(antisense lncRNA)作用和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)作用的分析和探讨,以期揭示lncRNA在球囊菌中的潜在功能。【方法】基于lncRNA基因在染色体上的位置,预测lncRNA上下游100 kb以内的蛋白编码基因;使用Blast软件将上下游基因比对到GO和KEGG数据库,以获得功能和通路注释。利用LncTar软件对反义lncRNA的靶mRNA进行预测,并使用Blast软件将上述靶mRNA比对到KEGG和eggNOG数据库。利用TargetFinder软件预测lncRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA,根据靶向结合关系建立lncRNA-miRNA和lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,进而通过Cytoscape v3.7.1软件进行调控网络的可视化。利用RT-PCR对调控网络中的lncRNA、靶miRNA和靶mRNA进行表达验证。【结果】共预测出371个lncRNA的5 852个上下游基因,可注释到细胞进程、代谢进程和应激反应等48个功能条目,以及新陈代谢途径、次生代谢产物的生物合成和抗生素的生物合成等121条通路,表明部分lncRNA可通过顺式作用调节上下游基因的表达,从而参与调控球囊菌的生长发育及物质能量代谢等基础生命活动。球囊菌的7个lncRNA与7个靶mRNA存在序列互补关系,其中5个mRNA在eggNOG数据库中仅注释为假定蛋白,仅gene3444在KEGG数据库注释为核孔复合体蛋白An-Nup120和假定蛋白,表明上述1个反义lncRNA可能参与调控核孔复合体蛋白的生物合成等生物学过程。此外,共预测出227个lncRNA与73个miRNA之间存在靶向结合关系,其中多数lncRNA(79.02%)仅能结合1—2个miRNA,部分miRNA可被多个lncRNA靶向结合;进一步构建氧化磷酸化通路和MAPK信号通路相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,分析结果显示氧化磷酸化通路相关的222个lncRNA靶向78个miRNA及50个mRNA,MAPK信号通路相关的222个lncRNA靶向76个miRNA及46个mRNA,表明部分lncRNA通过ceRNA作用调控此两条通路,从而影响球囊菌的能量合成、环境适应以及生长发育等过程。【结论】部分lncRNA可能通过顺式作用和ceRNA作用调节球囊菌的生长发育、物质能量代谢以及环境适应等生物学过程;MSTRG.5393.1可能作为反义lncRNA调控球囊菌的核孔复合体的蛋白合成。
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反义lncRNA 反义lncRNA 竞争性内源RNA 竞争性内源RNA 蜜蜂球囊菌 蜜蜂球囊菌 长链非编码RNA 长链非编码RNA 顺式作用 顺式作用
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| GB/T 7714 | 周丁丁 , 范元婵 , 王杰 et al. 蜜蜂球囊菌中长链非编码RNA的调控作用 [J]. | 中国农业科学 , 2021 , 54 (01) : 224-238 . |
| MLA | 周丁丁 et al. "蜜蜂球囊菌中长链非编码RNA的调控作用" . | 中国农业科学 54 . 01 (2021) : 224-238 . |
| APA | 周丁丁 , 范元婵 , 王杰 , 蒋海宾 , 祝智威 , 范小雪 et al. 蜜蜂球囊菌中长链非编码RNA的调控作用 . | 中国农业科学 , 2021 , 54 (01) , 224-238 . |
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Abstract ：
【目的】本研究旨在探究长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)在中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫应答蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)侵染过程中的差异表达谱及调控作用。【方法】利用链特异性cDNA建库的RNA-seq技术对未被侵染及球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行深度测序。通过相关生物信息学软件分析lncRNA的结构特征和表达谱。筛选并分析差异表达lncRNA (differentially expressed lncRNA,DElncRNA)的顺式(cis)作用及竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA)调控网络。采用RT-qPCR验证测序数据及DElncRNA差异变化趋势的可靠性。【结果】AcCK和AcT共预测出642个已知lncRNA和487个新lncRNA。与蛋白编码基因相比,上述中蜂lncRNA外显子数更少、长度更短且表达量更低。43个antisenselncRNA与40个正义链mRNA之间互补配对。AcCK和AcT比较组包含367个上调lncRNA和268个下调lncRNA。有194个DElncRNA潜在调控461个上下游基因,并涉及细胞进程、代谢进程和催化活性等38个功能条目以及氨基酸代谢、内吞作用和MAPK等191条通路。此外,有180个DElncRNA可靶向结合50个DEmiRNA,进而调控6365个mRNA;三者之间形成较为复杂的ceRNA调控网络。【结论】中蜂6日龄幼虫肠道的部分lncRNA可作为antisenselncRNA参与应答球囊菌侵染;部分DElncRNA可通过cis作用调节物质代谢和免疫途径相关的上下游基因,从而介导宿主的侵染应答;TCONS_00010661和TCONS_00003104等DElncRNA可通过ceRNA网络调控Jak-STAT和氧化磷酸化等通路及富集基因,进而参与宿主的侵染应答。
Keyword ：
中华蜜蜂 中华蜜蜂 免疫应答 免疫应答 幼虫 幼虫 竞争性内源RNA 竞争性内源RNA 蜜蜂球囊菌 蜜蜂球囊菌 长链非编码RNA 长链非编码RNA
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| GB/T 7714 | 杜宇 , 冯睿蓉 , 王杰 et al. 中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究 [J]. | 微生物学报 , 2021 , 61 (05) : 1338-1358 . |
| MLA | 杜宇 et al. "中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究" . | 微生物学报 61 . 05 (2021) : 1338-1358 . |
| APA | 杜宇 , 冯睿蓉 , 王杰 , 祝智威 , 张文德 , 余岢骏 et al. 中华蜜蜂6日龄幼虫响应蜜蜂球囊菌侵染的长链非编码RNA应答研究 . | 微生物学报 , 2021 , 61 (05) , 1338-1358 . |
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